В Мышкине работает некоммерческое учреждение «Мышкинский народный музей», объединяющее пять музеев:

   Единственный в мире Музей мыши (собрание разнообразных изображений мыши: игрушки, посуда, скульптура и др.). В августе 2008 года в городе во второй раз прошёл международный фестиваль «Мышь-2008», в ходе которого открылся Дворец мыши («Мышиные палаты»).
   Историко-этнографический музей под открытым небом, включающий 16 традиционных народных построек: дома, амбары, кузницы, бани, ветряную мельницу.
  Музей уникальной техники, включающий коллекцию автомобилей, мотоциклов, мотороллеров, катеров, спецтехники, коллекцию старинных саней, домашней утвари, дверных замков, засовов и многое другое.
    Музей столицы лоцманов — историко-бытовой музей. Музей Петра Смирнова.